地球不仅仅是一个人类世界，实际上我们中间生活着1500个外星生物，星际移民局负责处理与外星人有关的事务。纽约市警官Edwards（Will Smith饰演）在一次偶然的机会下加入了这个组织，并成为MIB的成员，代号为J。从此，他没有名字也没有身份，成为了特警K（Tom Lee Jones饰演）的合伙人。J处理的第一个事件是虫族部落的入侵。阿克伦的罗斯伯格王子被地球上的虫族杀死，他随身携带的“银河系”——宇宙中最好的亚原子能量来源——也消失了。如果虫族找到它，它将给阿克伦人带来毁灭性的打击；亚克隆人发出最后通牒，如果地球人不能在一小时内交出“银河系”，他们将摧毁地球。为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。
